H εταιρεία ιδρύθηκε το 1994 με τον τίτλο Αναπτυξιακή Εταιρεία Αποδοτίας – Οφιονείας Α.Ε. (ΑΝΕΤΑΠΟ Α.Ε.) για την καλύτερη αξιοποίηση των φυσικών πόρων της Ορεινής Ναυπακτίας.
Μετά την εφαρμογή του Νόμου 2539/97 (Ι. Καποδίστριας), η μετοχική βάση της εταιρείας διευρύνθηκε και στο μετοχικό της κεφάλαιο συμμετείχαν έντεκα (11) δήμοι της Αιτωλίας, όπως αυτή ορίζεται με τα ιστορικά της όρια, η Ε.Α.Σ. Μεσολογγίου – Ναυπακτίας, η Ο.Σ.Υ.Ν., η Ο.Ε.Β.Ε.Ν. και η Ε.Α.Σ. Δωρίδας. Η εταιρεία έγινε διανομαρχιακή (Ν. Αιτωλοακαρνανίας, Φωκίδας και Ευρυτανίας) και διαπεριφερειακή (Περιφέρειες Δυτικής και Στερεάς Ελλάδας), ενώ μετονομάστηκε σε ΑΙΤΩΛΙΚΗ ΑΝΑΠΤΥΞΙΑΚΗ Α.Ε. και σε συντομογραφία ΑΙΤΩΛΙΑ Α.Ε.
Σε εφαρμογή του Ν. 3463/2006 η εταιρεία μετονομάστηκε σε ΑΙΤΩΛΙΚΗ ΑΝΑΠΤΥΞΙΑΚΗ Α.Ε. Ο.Τ.Α., τον Απρίλιο του 2007. Η μετοχική σύνθεση της εταιρείας διευρύνθηκε από 15 σε 18 μετόχους με τη συμμετοχή του Δήμου Αιτωλικού, του Δήμου Οινιαδών και του Ναυτικού Ομίλου Μεσολογγίου, τον Ιούνιο του 2008. Στο πλαίσιο της πολιτικής διεύρυνσης της μετοχικής βάσης της εταιρείας, με σκοπό την προαγωγή του δημοκρατικού προγραμματισμού και την καλύτερη συνεργασία των τοπικών φορέων για την ανάπτυξη της περιοχής, ο αριθμός των μετόχων αυξήθηκε από 18 σε 24 με τη συμμετοχή της ΤΕΔΚ Ν. Αιτωλοακαρνανίας, του Επιμελητηρίου Αιτωλοακαρνανίας, του ΤΕΕ – Περιφερειακό Τμήμα Ν. Αιτωλοακαρνανίας, του Συνδέσμου Διαχείρισης Στερεών Αποβλήτων Α΄ Γεωγραφικής Ενότητας Ν. Αιτωλοακαρνανίας, του Συλλόγου Ατόμων με Αναπηρία “Αλκυόνη” και του Σωματείου Ελεύθερων Επαγγελματιών Αλιέων Αιτωλικού “ο Ντολμάς”, τον Νοέμβριου του 2008.
Σε εφαρμογή του Ν. 3852/2010 («Καλλικράτης») το πλήθος των μετόχων περιορίστηκε σε 16 από 24, εξαιτίας της συγχώνευσης των Δήμων. Στο πλαίσιο αποφάσεων Τακτικών Γενικών Συνελεύσεων της εταιρείας, περί αύξησης μετοχικού κεφαλαίου, εντάχθηκαν στην μετοχική σύνθεση της εταιρείας η Αγροπεριβαλλοντική Ομάδα Βιοκαλλιεργητών Δυτικής Ελλάδας, η Ομοσπονδία Συλλόγων Β/Δ Δωρίδος, ο Ναυτικός Όμιλος Ναυπάκτου, ο Εμποροβιομηχανικός Σύλλογος Μεσολογγίου και ο Δήμος Ξηρομέρου, ενώ η μετοχική σύνθεση της εταιρείας διαμορφώθηκε ως ακολούθως:
